Notre connaissance du microbiome croît... au même rythme que les bactéries se multiplient, mais tout un volet est souvent négligé. Un intestin en santé est composé d’un écosystème diversifié, contenant bien plus que des bactéries. Parmi ces légions de bactéries se cachent des virus, des levures et des champignons qui entraînent des questionnements demeurant souvent sans réponse. Quel serait l’équilibre optimal ? Comment pouvons-nous agir sur ces populations ? Comment ces différents microorganismes interagissent-ils entre eux et... avec nous ?

Jusqu’à maintenant, nous avons porté principalement l’accent sur ces bactéries qui élisent domicile dans notre corps. La recherche sur le virome, soit le microbiome des virus, est bien moins avancée que celle portant sur leurs voisines, les bactéries^1-4. Les levures et les champignons, souvent associés aux infections de type candidose, agissent aussi sur la population de microorganismes intestinaux de manière très peu connue encore. La flore fongique, que l’on appelle mycobiome, compterait pour 0,1 %² du microbiome total, mais aurait le potentiel d’avoir des répercussions beaucoup plus importantes sur la santé de cet écosystème et de votre corps.

Démystifions le mycobiome

De nature ni végétale ni animale, les champignons constituent des organismes génétiquement distincts des bactéries; ces dernières sont des organismes unicellulaires qui ne possèdent pas de noyau contenant l’ADN. Les cellules fongiques (tout comme les cellules humaines) sont qualifiées d’eucaryotes, c’est-à-dire qu’elles portent bel et bien un noyau contenant l’ADN ainsi que d’autres organites pourvus d’une membrane. Au royaume des champignons, vivent à la fois des levures unicellulaires et des champignons multicellulaires.

Les champignons sont des organismes plutôt mystérieux; dans notre environnement, nombre d’entre eux sont comestibles (un certain type) et prisés pour leurs propriétés médicales, notamment le reishi, le chaga et le crinière de lion. Nous employons d’autres champignons pour fermenter et transformer nos aliments et boissons comme le pain, le fromage, la bière et le kombucha³.

On ne connaît pas encore parfaitement la composition précise de notre mycobiome intestinal principal. Or, le Candida et les Saccharomyces sont reconnus comme des espèces dominantes en plusieurs endroits de notre corps, tant à l’intérieur qu’à sa surface, dont le côlon^3,4. Tout comme pour les bactéries, les parois vaginales abondent en levures contribuant à notre colonisation bactérienne à la naissance. L’alimentation et l’environnement peuvent aussi agir sur la composition du mycobiome^3-5. Les champignons fréquemment employés pour la fermentation des aliments, comme le Saccharomyces, sont souvent détectés dans nos selles, mais l’on ne sait toujours pas s’il s’agit d’une présence transitoire ou permanente dans notre intestin⁵.

Comment le mycobiome agit-il sur notre santé digestive ?

Reste encore à déterminer jusqu’à quel point les humains bénéficient de la présence d’une population fongique. Comment pouvons-nous être certains que les champignons contribuent de façon significative à la santé humaine ? Les connaissances les plus approfondies sur les interactions fongiques portent en fait sur les pathogènes opportunistes, qui peuvent causer des infections lorsque notre microbiome et notre système immunitaire sont affaiblis^4,5. Pensons notamment au muguet buccal, au pied d’athlète ou aux infections vaginales à levures. Certains champignons, comme l’espèce Aspergillus, produit des mycotoxines qui peuvent entraîner de l’inflammation, un dérèglement de la barrière intestinale ainsi que des maladies plus sérieuses, dont des cancers⁵.

Nous savons désormais que les champignons sont disséminés tout au long de la voie digestive, par exemple le Candida albicans, qui peut survivre à l’environnement acide de l’estomac⁵. Les dernières recherches indiquent que les personnes atteintes de la maladie de Crohn pourraient avoir des niveaux plus élevés de champignons résidents que celles qui n’en sont pas atteintes^4,5. Quelques recherches concluent que les médicaments antifongiques augmenteraient l’inflammation intestinale ainsi que les symptômes des maladies inflammatoires intestinales⁵. L’hypothèse a aussi été posée que les champignons pourraient avoir une incidence sur le développement du syndrome du côlon irritable, bien qu’il soit encore trop tôt pour en tirer une conclusion⁵.

Un autre indice de taille concernant le rôle que jouent les champignons sur la santé humaine nous provient de recherches réalisées sur les souches fongiques, qui auraient une incidence probiotique sur le corps humain. Il s’agit du Saccharomyces cerevisiae, vendu comme un probiotique. Tout comme nous l’avons observé chez les bactéries dans le cadre de nos recherches, non seulement le S. cerevisiae apporterait des bienfaits pour la santé humaine, mais il semble posséder la capacité de combattre les agents pathogènes de sa propre espèce, et d’interagir en synergie avec les bactéries intestinales^4,5.

Maintenir une solide cohésion microbienne

Comme pour tout écosystème, un microbiome diversifié (qui comprend des bactéries, des virus, des levures et des champignons) est un microbiome en santé. Nous savons fort bien que l’alimentation joue un rôle crucial pour établir cet écosystème et les preuves qu’il en serait de même pour les champignons s’accumulent⁴. À l’heure actuelle, les recherches indiquent que nous devrions manger une multitude d’aliments végétaux colorés, des sources riches en fibres, afin de nourrir nos bonnes bactéries et favoriser le contrôle de l’inflammation intestinale, qui elle, risque d’entraîner la croissance de pathogènes opportunistes. Éviter le tabac, les excès de sucres ajoutés ainsi que les farines raffinées favorisera également le contrôle de la croissance d’espèces microbiennes comme la bactérie E. coli et le Candida^3-5.

Par ailleurs, nous aurions avantage à étendre cette diversité jusque dans nos foyers. En effet, lorsque la température le permet, ouvrir les fenêtres augmente la diversité de microbes dans l’air ambiant. Cesser l’utilisation de produits nettoyants antibactériens et les remplacer par des savons purs ou des détergents naturels faits de vinaigre et d’huiles essentielles favorise aussi la diversité microbienne. Nous sommes entourés de microbes bénéfiques qui contribuent à contrôler les souches pathogènes : en tentant d’éradiquer les microbes qui nous rendent malades, nous éliminons du même coup les souches protectrices qui nous gardent en santé.

En tant qu’organismes en concurrence dans notre mircobiome, les bactéries et les champignons sont en perpétuelle interaction⁵. On pense que certaines souches de la bactérie lactobacille pourraient inhiber la croissance du Candida albicans et aider le système immunitaire dans son activité de régulation⁵. Favoriser la présence d’une imposante population de bactéries bénéfiques et diversifiées en l’associant à la prise d’un probiotique efficace et de haute qualité comme Bio-K+ constitue une étape importante pour maintenir des interactions harmonieuses avec les microbes, sur lesquels il nous reste tant à apprendre.

Le corps humain est un univers vaste qui continue de révéler ses secrets. Si nous en apprenons davantage chaque jour sur le microbiome, ce dernier nous réserve probablement bien d’autres surprises encore. Nous commençons seulement à mieux connaître les champignons et la véritable diversité de notre microbiome en général. La recherche sur le mycobiome nous aidera à mieux comprendre notre corps et les moyens à notre disposition pour favoriser une meilleure santé. En attendant d’en apprendre davantage, adopter une alimentation saine principalement composée de végétaux et favoriser notre diversité microbienne sont les meilleurs moyens à prendre pour avoir un écosystème interne fort.

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Références

1. Zou, Shimian et al. “Research on the Human Virome: Where Are We and What Is next.” Microbiome4 (2016): 32. PMC. Web. 18 May 2018.
2. Qin, Junjie, et al. "A human gut microbial gene catalogue established by metagenomic sequencing." nature464.7285 (2010): 59.
3. Nash, Andrea K., et al. "The gut mycobiome of the Human Microbiome Project healthy cohort." Microbiome5.1 (2017): 153.
4. Suhr, Mallory J., and Heather E. Hallen-Adams. "The human gut mycobiome: pitfalls and potentials—a mycologist’s perspective." Mycologia107.6 (2015): 1057-1073.
5. Wang, Z. K., et al. "fungal microbiota and digestive diseases." Alimentary pharmacology & therapeutics39.8 (2014): 751-766.